Sentita la chiamata, Giovanni andò a vivere nel deserto, conducendo vita di penitenza e di preghiera: "Giovanni portava un vestito di peli di cammello e una cintura di pelle attorno ai fianchi; il suo cibo era il miele selvatico " (Marco 1,6). Fece parte della a comunità giudaica degli Esseni, che vivevano in comunità monastiche nel deserto, aspettavano l'avvento del Messia e praticavano il vegetarianesimo e il battesimo come rito di purificazione. La novità del battesimo di Giovanni, rispetto alle abluzioni di tipo rituale che già si conoscevano nella tradizione giudaica, consiste nel preciso impegno di "conversione", da parte di coloro che andavano a farsi battezzare da lui. Secondo alcuni vangeli apocrifi,in seguito alla morte della madre si recò nel deserto dove fu istruito dagli angeli e uomini sapienti per la sua futura missione.
Giovanni Battista annunciò più volte di riconoscere in Gesù il Messia annunciato dai profeti, ma il momento culminante è quello in cui Gesù stesso volle essere battezzato da lui nelle acque del Giordano; in quell'occasione Giovanni additò Gesù ai suoi seguaci come "l'agnello di Dio che toglie i peccati del mondo" (Giovanni 1,29).
l Battista morì a causa della sua predicazione. Egli condannò pubblicamente la condotta di Erode Antipa, che conviveva con la cognata Erodiade; il re lo fece prima imprigionare, poi, per compiacere la bella figlia di Erodiade, Salomè, che aveva ballato ad un banchetto, lo fece decapitare.La morte per decapitazione ha fatto si che San Giovanni Battista sia divenuto famoso anche come San Giovanni Decollato.
Il commediografo friulano Renato Stroili Gurisatti ha scritto un testo dal quale il compositore Raul Lovisoni ha tratto il frammento che trasformato in video.